استفاده بیش از حد از بابونه موجب تعریق زیاد، ورم چشم، سقط جنین، سردرد و سنگینی سر، پیدایش زخم در دهان، كاهش شیر مادران و ورم پروستات می‌شود.

- مصرف این گیاه در دوز زیاد می تواند باعث خواب آلودگی شدید با استفراغ شود.

- بابونه در بعضی از افراد می تواند باعث بروز اگزما یا حساسیت چشمی شود.

- افرادی که باید مورد عمل جراحی قرار گیرند به دلیل احتمال تداخل این گیاه با داروهای بیهوشی، باید دو هفته قبل از عمل جراحی مصرف این گیاه را متوقف کنند.

- به دلیل اینکه بابونه با داروهایی مثل آرامبخش ها، آنتی پلاکت ها، اسپرین ها و دارو هایی از خانواده ایبوپروفن تداخل دارد، در صورت مصرف منظم هر گونه دارو قبل از مصرف این گیاه با پزشک خود مشورت کنید.

- مصرف بابونه به زنان باردار و شیرده توصیه نمی شود.